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論文誌 IPSJ Transactions on Bioinformatics
20世紀後半における科学技術の発展の中心は、情報科学とバイオサイエンスでした。21世紀は、この両分野が協調して、いよいよ生命の謎を解明し、人類の進歩に役立てる時代です。バイオ情報学と総称される生命科学と情報科学の境界領域は、魅力的かつ社会的必要性の大きな学問領域です。バイオ情報学においては、DNA配列のみならず、タンパク質立体構造、遺伝子発現データ、各種相互作用データなどの多種かつ大量のデータから、有用な知識を抽出する情報技術の開発が必要です。そのためには既存手法の活用も重要ですが、バイオデータの特性に合わせた新たな情報解析手法の開発も必要となります。また、細胞から臓器、脳、さらには個体に至るまで、様々なレベルの生命システムの数理モデルを構築・解析し、生命の構築原理、動作原理を情報科学の立場から明らかにしていく必要もあります。
本論文誌では、バイオ情報学、計算生物学、および、関連分野について、情報科学・数理科学を中心としながらも、幅広い視点からの論文を英文で迅速に発表する場を提供し、科学、工学の発展に貢献するとともに、国際的な情報発信の手段を提供することも目的とします。
本論文誌は、バイオ情報学（BIO）研究会が編集／財務責任研究会となり刊行いたします。
バイオ情報学（バイオインフォマティクス、計算生物学を含む）全般です。
テーマの例として以下を含みます。
- 配列情報解析
- 進化系統解析
- タンパク質構造予測・解析
- プロテオミクス・プロテオームデータ解析
- RNA構造予測・解析
- 遺伝子発現データ解析
- 遺伝子ネットワーク推定・解析
- 代謝ネットワーク推定・解析
- 遺伝子多型データ解析
- 細胞シミュレーション
- ニューロインフォマティクス
- システム生物学
論文の形式などは、情報処理学会論文誌や他のトランザクション論文誌と同様とします。
ただし、英語論文だけを対象とし、論文誌本体に用いる言語はすべて英文とします。
論文の種類としては、original paper, survey paper, database/software paper, case study, technical note の5種類があります。
2006年度より毎年度11月、3月に刊行してきました。 2008年度にJ-Stageによるオンライン出版への移行に伴い論文誌をリニューアルしました。リニューアル後の第1号は 11月に刊行しました。
投稿は随時行うことができ、投稿後できるだけ1か月以内に最初の判定結果をお知らせするようにしています。
改訂が必要となった場合の再査読もできるだけ短期間に行うようにしています。
基本的な考え方として、減点法ではなく、論文のよい点を積極的に評価いたします。内容に本質的や誤りがないと思われ、新規性、もしくは、有用性が十分にあれば、採録します。粒のそろった妥当な論文だけを集めるのではなくて、既存の評価軸にはかからなかったが、将来、高く評価されるかもしれない論文を見逃さないようにしたいと考えています。国際英文論文誌などに投稿して不採録となった論文も上記の条件を満たせば積極的に採録していく予定です。そのためには従来の基準での厳しい評価は求めないこととします。ただし、将来的に英文論文誌として国際的に認知されることを目標としていますので、英語が一定のレベルに達していることは必須といたします。
既刊号目次
2007年度までの既刊号目次とアブストラクトは BookPark のwebページ を通してご覧いただけます。 2007年度までの掲載論文は IPSJ Digital Courier を通じてオープンアクセス可能となっています。 2008年度からはJ-Stageによるオンライン出版・オープンアクセスに移行しました。詳細につきましては以下のページをご参照ください。
http://www.ipsj.or.jp/09sig/transaction/ipsj-transactions.html
http://www.ipsj.or.jp/03somu/kinen_jigyo/50anv/d-library/dl-ronbun-200710kaikoku.html#trans
- 論文の使用言語
- 論文は英文で書かれたものだけを受け付けます。
- 編集委員からの連絡、および、査読結果、コメントの報告は原則として日本語で行われます。
- 電子メールによる投稿
- 論文は電子メールでだけ受け付けます。採択決定までは原則として著者と編集委員のやりとりはすべて電子メールで行われます。
- 論文の種類 ：本論文誌は次の５種類の論文を受け付けます。なお、いずれの論文に対しても査読が行われます。
- 【オリジナル論文 (original paper)】
- バイオ情報学に関するオリジナルな研究成果について述べた論文
- 【サーベイ論文（survey paper）】
- バイオ情報学に関する既存研究のサーベイを行った論文。ただし、読者にとって有用性のあるサーベイである必要があります。
- 【データベース・ソフトウェア論文 (database/software paper)】
- 開発し、かつ、公開したデータベースもしくはソフトウェア（Webサーバーを含む）を紹介する論文です。方式自体は既存のものを用いていても構いませんが、他のデータベースやソフトウェアと比較して有用性があることが必要です。最終フォーマットに換算して3ページ以上の長さであることが必要です。
- 【ケーススタディ論文 (case study paper)】
- 現場における問題を取り上げ、既存の方法論や原理原則を問題の特徴 に合わせて工夫して適用する事により解決できる事を示した論文。 ただし、その効果を客観的に評価しており、新たな知見を認められるもの。
- 【テクニカルノート (technical note)】
- 新しい研究開発成果の速報、または技術上の新しい提案最終フォーマットに換算して４ページ以内であることが必要です。
- 他の発表との内容の重複
- 当論文誌としては、査読付き国際会議など論文誌以外の機会で発表されていることをもって不採録の理由とはいたしません。著作権については、著者の責任において解決されており、採択時には問題なく本会への委譲が行われるものとして、査読・掲載の手続きを行います。なお、既発表の Journal 論文とは、使用言語にかかわらず、異なる内容のものであることが必要です。
- 著作権
- 最終原稿の著作権は「情報処理学会著作権規定」に従い情報処理学会に帰属します。詳細についてはこちらを参照ください。
- 投稿手順
- 論文投稿の際には、まず、投稿フォーム（テキストファイル）を添付して tbio-editors にメールをご送付下さい。
- その直後に、論文本体を添付ファイルとしたメールを tbio-editors にご送付下さい。なお、上記メールアドレスには @googlegroups.com を最後に追加して下さい。 他の箇所も同様です。
- 投稿時の論文フォーマット
- 特別なフォーマットはありません。ただし、次の条件を満たす必要があります。
- サイズはA4版であること
- タイトル、著者名、著者所属、キーワード、アブストラクト（200 word程度）を含むこと
- MS−WordもしくはPDF形式のファイルを添付ファイルとして送付。1Mbyteを越える場合には、Gzip や LHA などの標準的な圧縮ソフトを用いて圧縮すること。ファイル形式および圧縮ソフトの形式を明記すること。
- 論文掲載料
- 論文が採択された場合には、所定の論文掲載料をお支払いただきます。
論文掲載料はページ数にかかわらず 12,760円／ページ です。詳しくは、こちらをご参照ください。
- 投稿資格
- 情報処理学会の会員以外の投稿も認めます。ただし、著者はできるだけ、情報処理学会会員およびバイオ情報学研究会登録者であることが望まれます。
- 最終原稿
- 論文が採択された後は、情報処理学会論文誌（トランザクション）の規定に従って最終原稿を提出していただきます。トランザクションの執筆案内については、こちらを参照下さい。
- 最終原稿は学会所定のLaTeXスタイルファイルを用いた形式によるものしか受け付けません。
- スタイルファイルについてはこちらを参照下さい。
- 研究会での発表
- 論文出版のためには研究会での発表が必要です。なお、論文が採択された後で発表して下さっても結構です。
- 投稿論文が以下のいずれかの条件に該当する場合、査読プロセスに進むことなく編集委員により却下されることがあります：
- 本誌の目的や範囲（スコープ）に合致しない場合
- 科学的基準または方法論が著しく不足している場合
- 他誌で公表された内容と著しく重複している場合
- 投稿規程および技術的要件を大きく逸脱している場合
- 研究倫理、著作権、またはデータ利用許諾に問題がある場合
- 言語的な問題が深刻で内容が理解できない場合
- 新規性や意義が乏しく、読者に対する価値が低いと判断される場合
- 改訂論文の投稿
- 論文改訂は原則として1回のみといたします。
- 改訂期間は査読結果の受領後、原則として1か月以内とします。2か月を過ぎた場合には新規投稿論文として扱われることがあります。
- 改訂論文は担当編集委員、および、tbio-editors に送付して下さい。なお、改訂論文とともに、質問への回答、および、改訂事項などを記載した文書も添付して下さい。文書が添付されない場合には、不採択となる場合があります。
- 査読期間
- 最初の査読期間は論文受領を著者に通知してから1か月程度を目標とします。
- 以下の場合には tbio-editors までメールでご連絡下さい。再査読の場合も同様です。
- 論文投稿後1週間経過しても受領通知が来ない場合。
- 受領通知を受け取ってから1か月を経過しても査読結果が来ない場合。
- 論文誌掲載までの期間
- IPSJ Transactions on Bioinformaticsは年2回刊行予定ですので、最終原稿提出から掲載までには数ヶ月以上かかる場合があります。ただし、将来は随時刊行に移行予定です。
- 2008年度より、J-Stageによるオンライン出版に移行しました。
論文投稿フォームはこちらよりダウンロードしてください
- 論文投稿から採択までの作業は、基本的にメーリングリストだけを用いて行います。
- 査読プロセスにおいては次のメーリングリストを利用します。下記メールアドレスには @googlegroups.com を最後に追加して下さい。
- 編集副委員長用メーリングリスト： tbio-editors
- 編集委員長および編集副委員長だけに転送されます。
- 投稿論文の受領、編集委員の割当てに利用します。
- 編集委員会用メーリングリスト： tbio-committee
- 編集委員長、編集副委員長、編集委員全員に転送されます。
- 査読結果および判定案の報告、審議に利用します。ただし、編集委員が著者に含まれる場合には、編集副委員長用メーリングリストに査読結
果および判定案を報告します。さらに、編集副委員長、もしくは、編集委員長が著者に含まれる場合には、メーリングリストを用いずに報告、審議を行います。
- 論文査読プロセスは以下のとおりです。
- 著者（代表者。以下、同様）は tbio-editors に投稿フォームを送り、その直後に論文本体を送ります。
- 編集委員長は担当編集委員をすみやかに選定し、担当編集委員、および、
tbio-editors に連絡します（3日以内。できれば即日）。海外出張、休暇などで編集委員長からの連絡が3日以内にtbio-editors に流れなければ、この作業を編集副委員長が代行します。
- 担当編集委員は著者に担当になったことを連絡します（tbio-editors にも Cc: します）。
- 担当編集委員は査読者を2名以上、すみやかに選定し、編集委員長に報告します（できるだけ1週間以内）。 ただし、technical noteの場合、査読者を１名以上とします。
- 担当編集委員は査読者に論文本体を送ります。
- 査読者はできるだけ3週間以内に査読結果を担当編集委員に送ります。
- 担当編集委員は査読結果を吟味し、査読者名を匿名とした上で、査読結果および判定案をtbio-committee
に送ります。なお、編集委員が著者に含まれる場合には、査読結果および判定案を tbio-editors
に送ります。編集委員長が賛成するか、3日間たっても異議が出なかった場合には、担当編集委員はその結果を著者に報告します（tbio-editors にも Cc: します）。
- 改訂が必要となった場合、著者は原則1か月以内に改訂し、改訂原稿を担当編集委員に送ります（tbio-editors にも Cc: します）。そして、ステップ (5) 以降のプロセスを繰り返します。ただし、改訂は原則1回のみとします。
査読用フォームはこちらよりダウンロードしてください
編集委員会
- 編集委員長
- 佐藤 健吾 （東京科学大学）
- 副編集長
- 伊藤 公人 （北海道大学）
- 木下 賢吾 （東北大学）
- 五斗 進 （情報・システム研究機構）
- 渋谷 哲朗 （東京大学）
- 竹中 要一 （関西大学）
- 委員
- 阿久津 達也 （京都大学）
- 浅井 義之（山口大学）
- 遠藤 俊徳 （北海道大学）
- 大上 雅史 （東京科学大学）
- 大川 剛直 （神戸大学）
- 大林 武 （東北大学）
- 加藤 有己 （大阪大学）
- 倉田 博之 （九州工業大学）
- 関嶋 政和 （東京科学大学）
- 瀬々 潤 （ヒューマノーム研究所）
- 瀬尾 茂人（大阪大学）
- 田口 善弘 （中央大学）
- 遠里 由佳子（立命館大学）
- 福永 津嵩（慶應義塾大学）
- 吉本 潤一郎 （藤田医科大学）
過去の編集委員については下記のページを御覧ください。
